Certaines missions comportent des risques du point de vue de l'organisation humaine :
- utilisateurs habitués et attachés à un outil, considérant le changement comme une contrainte superflue ;
- manque d’intérêt envers l’outil informatique ne facilitant pas l’adhésion au projet ;
- résistances dues à l’organisation interne (rejet des décisions de la hiérarchie, désaccords internes…).
Ces risques doivent être pris en compte dans la réalisation de la mission, afin de réduire les facteurs de rejet pouvant compromettre la bonne marche du projet et d'adapter l'organisation en vue de la mise en place de nouveaux processus de travail. C’est grâce à une conduite du changement adaptée au contexte de l'entreprise que cela peut être réalisé.
Cela nécessite de définir une stratégie et un plan de mise en œuvre autour de quatre axes complémentaires : l’implication, la communication et la formation. Cette stratégie et les actions qui en découlent sont propres à chaque projet et à chaque organisme. On peut cependant identifier des axes de réflexion récurrents.

